Je viens d'utiliser Ant Renamer, ça marche pas mal.

Sinon, la méthode à la main dans Windows
"Cmd dans le répertoire (shift + clic droit)
Dir /B /OGEN > toto.cmd
Ensuite faire le renommage en éditant le fichier"
Par exemple, obtenir la ligne
ren "Origami%20Bear.pdf" "Origami Bear.pdf"
Merci Greg :-)